甘肃省农业科学院马铃薯研究所成立于2006年，设立马铃薯遗传育种、种质资源与生物技术、栽培技术、脱毒种薯繁育技术等4个研究室，会川、榆中两个野外试验站。在兰州本部、会川试验站和榆中试验站开展马铃薯种质资源常规与离体保存、优异基因挖掘、种质创制和新品种选育以及脱毒种薯繁育技术、绿色高产栽培技术研发等研究工作。兰州本部建有马铃薯种质资源离体保存库、生理生化、分子遗传实验室840.96㎡，脱毒无菌操作间630㎡，节能培养室、智能玻璃温室5000㎡；在会川试验站建有马铃薯种薯贮藏窖3400㎡，智能连栋温室2800㎡，防虫网棚20亩，育种试验地80亩；在榆中试验站建有种薯贮藏窖500㎡，智能连栋温室2000㎡，防虫网棚10亩，育种试验地60亩；购置了先进的仪器设备100余台套价值1100余万元。全所现有技术人员34名，其中研究员9名，副研究员10名；博士8名；省领军人才5人，高层次人才津贴2人，甘肃省先进工作者1人。

单位拥有“国家种质资源渭源观测试验站”等13个科研平台，分别为农业农村部命名的“国家种质资源渭源观测试验站”、农业部农业部命名的“西北旱作马铃薯科学观测实验站”、农业部建设的“抗旱高淀粉马铃薯育种研究创新基地”、农业部挂牌的“农业部会川马铃薯资源野外重点观测试验站”、科技部认定的“甘肃省兰州市安宁区马铃薯脱毒种薯繁育技术集成创新与示范星创天地”、甘肃省科学技术厅认定的“中俄马铃薯种质创新与品种选育联合实验室”、甘肃省科学技术厅认定的“丝绸之路中俄技术转移中心”、甘肃省科学技术厅认定的“甘肃省马铃薯脱毒种薯（种苗）质量控制技术创新中心”、甘肃省科学技术厅认定的“马铃薯种质资源创新利用与脱毒种薯繁育技术甘肃省国际科技合作基地”、甘肃省科学技术厅认定的“甘肃省农业科学院马铃薯研究所会川试验站特色科普基地”、甘肃省财政厅认定的“甘肃省种质种苗协同创新中心”、甘肃省发改委认定的“甘肃省马铃薯种质资源创新工程实验室”、兰州市委组织部认定的“马铃薯种质创新利用及脱毒种薯繁育技术示范推广基地”。

现保存马铃薯种质资源1500余份（田间保存和离体双轨保存），先后选育出陇薯系列马铃薯品种55个，其中国审品种2个，省审品种14个，国家登记品种14个，在高淀粉和抗病品种选育领域位居全国第一梯队；获植物新品种权6项，国家发明专利6项，实用新型专利13项，计算机软件制作权4个，颁布地方标准和技术规程4个，发表论文211篇；获得各类科技奖励16项，其中甘肃省科技进步一等奖2项、二等奖4项、三等奖2项，全国农牧渔业丰收奖一等奖1项。陇薯系列马铃薯品种在省内年种植面积达400余万亩，占甘肃省和西北地区年种植面积的1/2和1/3，其中陇薯3号、陇薯7号、陇薯10号均超过了100万亩。占全省马铃薯面积的近1/2，占西北马铃薯面积的1/3以上，陇薯7号被确定为2014、2024年全国农业主导品种，陇薯7号、陇薯10号连续多年入选全国推广面积前十大品种。